Евразия » Армения » Биологи создали алгоритм, определяющий структуру белка по фотографиям

Биологи создали алгоритм, определяющий структуру белка по фотографиям

ЕРЕВАН, 6 мар - Новости-Армения. Американские биологи разработали специальный компьютерный алгоритм, позволяющий получить "эскиз" трехмерной структуры произвольного белка по снимкам высокого разрешения с нескольких ракурсов, говорится в статье, опубликованной в журнале Structure.

Проблема восстановления трехмерной структуры белков является одной из самых сложных вычислительных задач. Как правило, белки состоят из множества тысяч остатков аминокислот, которые могут взаимодействовать друг с другом сотнями путей. Расчет всех возможных комбинаций и поиск "правильного" варианта занимает непозволительно много времени даже у современных суперкомпьютеров. В 2008 году группа программистов и биологов из университета штата Вашингтон привлекла к этой задачи коллективный "интернет-разум", разработав компьютерную игру - белковый "конструктор" FoldIt, передает РИА Новости.

Группа биологов под руководством Мэттью Бейкера (Matthew Baker) из медицинского колледжа Бейлор в городе Хьюстон (США) разработала компьютерную программу, которая позволяет относительно быстро получать примерную структуру того или иного белка по нескольким снимкам его молекулы с разрешением в 3-8 ангстрем (десятых частей нанометра).

"Для решения этой проблемы мы позаимствовали алгоритмы, описывающие решение классической вычислительной проблемы, которая известна под названием "задача коммивояжера". По своей сути она напоминает головоломку в которой игрок должен получить картинку, соединив пронумерованные точки. Только в этом случае числа отсутствуют", - пояснила участница группы Мария Бейкер (Mariah Baker) из медицинского колледжа Бейлор.

В оригинальной задаче воображаемый торговец должен найти кратчайший маршрут, по которому он сможет обойти все нужные точки-"города" и вернуться в исходный пункт.

При увеличении числа городов до двухзначных значений задача становится не решаемой с точки зрения простого перебора значений - ее решение затянется на миллиарды лет даже на самом быстром суперкомпьютере. Поэтому большинство действенных методов ее решения относятся к числу эвристических алгоритмов - математически нестрогих методов, дающих приемлемый ответ.

Бейкер и его коллеги использовали эти методы для восстановления структуры белков, только на этот раз "торговец" путешествовал не по городам, а по соединительным мостикам между остатками аминокислот. Эти участки белковых молекул хорошо различимы на снимках, которые можно получить при помощи современных рентгеновских кристаллографов или криомикроскопов.

По словам биологов, данная методика универсальна и не требует предварительных знаний о поведении и функциях белковой молекулы, в других методов восстановления структуры белков "по фотографии".

"Это особенно важно при работе с гигантскими белковыми комплексами из 10 или 30 отдельных молекул. Вы можете знать структуру одного или двух его компонентов, но вам нужно понимать, как все компоненты структуры взаимодействуют друг с другом. И если вам удастся разделить составляющие, вы сможете использовать наш метод для получения модели всех белков в комплексе", - заключает Мэтью Бейкер.-0-

Армения

США стремится реорганизовать о...

Дата: 13 февраля 2013
В состав оппозиции Сирии входят разнородные отряды повстанческого ополчения. Многие отряды заполнены радикальными...

Победа Обамы не спасет США от ...

Дата: 01 февраля 2013
Многие аналитики склонны считать, что они подтвердят позицию российского МИДа, считающего, что американские выборы не...

Единственное ателье Минобороны...

Дата: 22 марта 2012
ЕРЕВАН, 22 мар – Новости-Армения. ОАО "43 ЦЭПК", которое является единственным производственным...

Россия считает Иран своим сосе...

Дата: 22 марта 2012
ЕРЕВАН, 22 мар - Новости-Армения. Россия не заинтересована в появлении ракетно-ядерного оружия в Иране, но при этом...

Протестное движение за честные...

Дата: 22 марта 2012
ЕРЕВАН, 22 мар - Новости-Армения. Протестное движение, добивающееся честных выборов в России, идет на спад, а уже...

Дни культуры Украины в Армении...

Дата: 22 марта 2012
ЕРЕВАН, 22 мар - Новости-Армения. Дни культуры Украины в Армении стартуют в четверг с открытия выставки Союза украинских...

Киргизия

Причина гибели белорусского би...

Дата: 11 февраля 2013
Проблема касается времени первостепенных представителей компаний – их руководителей. В результате неравной борьбы с...

Делегация МИД Кыргызстана прин...

Дата: 29 марта 2012
Новости в мире - 29 марта. Делегация Министерства иностранных дел (МИД) Кыргызской Республики (КР) приняла участие в V...

Фонд обязательного медицинског...

Дата: 29 марта 2012
Бишкек - 29 марта. В Бишкеке врач Центра семейной медицины №15 выписывала рецепты по льготной дополнительной программе...

Кого «послал» президент Придне...

Дата: 29 марта 2012
Новости в мире - 29 марта. Послание президента ПМР (Приднестровская Молдавская Республика) к органам государственной...

Мэр Бишкека посетил медфак Кыр...

Дата: 29 марта 2012
Бишкек - 29 марта. Мэр столицы Кыргызской Республики (КР) Иса Омуркулов посетил учебный корпус медицинского факультета...

Нацбанк Кыргызстана: Инфляция ...

Дата: 28 марта 2012
Бишкек - 28 марта. Сегодня, 28 марта, заместитель председателя Национального банка Кыргызской Республики Заир Чокоев дал...

Азербайджан

Чеченцам запретят пить энергет...

Дата: 30 марта 2013
О своем решении покончить с продажей «этого яда», Рамзан Кадыров заявил на совещании, в котором участвовали не только...

Азия начинает Большую игру?

Дата: 06 марта 2013
Тема эта чрезвычайна, актуальна уже на протяжении многих лет, начиная с окончания холодной войны. Как таковая, концепция...

Азербайджанский студент, стрел...

Дата: 06 марта 2013
12 ноября восемнадцатилетний азербайджанский студент Набизаде, будучи гостем на свадьбе своих друзей на западе столицы,...

Асаду следует срочно исправлят...

Дата: 22 марта 2012
БАКУ, 22 мар - Новости-Азербайджан. Дальнейшая позиция России в разрешении сирийского конфликта будет зависеть от того,...

США готовы возобновить перего...

Дата: 22 марта 2012
БАКУ, 22 мар - Новости-Азербайджан. Госсекретарь США Хиллари Клинтон подтвердила, что Соединенные Штаты готовы к ...

Взрыв произошёл перед посольст...

Дата: 21 марта 2012
БАКУ, 21 мар - Новости-Азербайджан. Взрыв произошел в среду перед зданием посольства Индонезии в Париже, сообщает...

Грузия

тбилисском аэропорту задержан ...

Дата: 30 марта 2013
Ираклий Окруашвили, один из лидеров грузинской оппозиции, экс-министр обороны Грузии обвинен по 3-м статьям УК Грузии и...

Вино из Грузии может снова поя...

Дата: 25 марта 2013
Особое положение занимал вопрос, касающийся возможного появления грузинского вина на российском рынке. Согласно...

Новоизбранный парламент первы...

Дата: 04 марта 2013
Председателем этого заседания избрали Давида Усупашвили. Он представляет интересы «Грузинской мечты», которая выиграла...

Большая часть терактов соверше...

Дата: 15 февраля 2013
От терактов погибших гораздо больше в Европе, чем в США. В упомянутом докладе проанализирован терроризм в мире за...

В состав нового правительства ...

Дата: 12 февраля 2013
Кандидат в премьер-министры страны и по совместительству являющийся лидером грузинской оппозиционной коалиции, которая...

Лидер «Грузинской мечты» Ивани...

Дата: 11 февраля 2013
Правящая партия на выборах в Грузии получила меньшее число голосов, заняла только второе место, в парламенте будет ее...

Украина

Эйро: выборы на востоке Украин...

Дата: 04 марта 2016
Министры иностранных дел «нормандской четверки» (...

Яценюк предложил продать 1 млн...

Дата: 29 февраля 2016
Арсений Яценюк, премьер Украины, сообщил о том,...

Первый замминистра МЭРТ Украин...

Дата: 04 февраля 2016
Юлия Ковалив, первый заместитель министра...
Россия

Госдума соберется на первое за...

Дата: 11 января 2017
Депутаты Госдумы РФ cовсем скоро соберутся, уже...

ЦИК направил в суд протоколы в...

Дата: 11 января 2017
Центральная избирательная комиссия (ЦИК) России...

Косачев рассказал о темах на А...

Дата: 11 января 2017
Площадка Азиатско-Тихоокеанского парламентского...
Таджикистан

Захарова пообещала станцевать ...

Дата: 20 мая 2016
Мария Захарова, официальный представитель МИД...

Доход губернатора Приморья за ...

Дата: 29 апреля 2016
Общий доход губернатора Приморского края...

В ГД внесен проект о применени...

Дата: 01 декабря 2015
Согласно данным нижней палаты парламента,...
Узбекистан

Чем не угодил студенту Федерал...

Дата: 06 февраля 2013
Он много раз пытался позвонить по телефону...

ГАЖК "Ўзбекистон темир йўллари...

Дата: 29 марта 2012
К концу 2011 года ГАЖК "Ўзбекистон темир йўллари"...